ในวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2556 เจ้าหน้าที่กองปราบได้จับกุมนายสมชาย คุณปลื้ม บนรถยนต์ส่วนตัวทะเบียน ฎฎ 9579 กทม. ขณะเดินทางบนถนนมอเตอร์เวย์ขาออก บริเวณด่านเก็บเงินลาดกระบัง จากการตรวจสอบพบว่า นายสมชาย คุณปลื้ม เดินทางเข้ามารักษาอาการป่วยที่โรงพยาบาลสมิติเวช ศรีนครินทร์ โดยใช้ชื่อปลอมเป็นนายกิม แซ่ตั้ง[10][11]

ภายหลังถูกจับกุม นายสมชาย คุณปลื้ม ถูกควบคุมตัวไว้ที่กองปราบปราม และส่งไปขอหมายจำคุกที่ศาลอาญา โดยนายสมชายรับว่าเป็นบุคคลเดียวกับที่ต้องถูกจำคุกในคดีจ้างวานฆ่านายประยูร สิทธิโชติ (กำนันยูร) ซึ่งศาลฎีกาพิพากษาจำคุกเขา 25 ปี ศาลอาญาจึงออกหมายจำคุกโดยนับรวมกับโทษในคดีที่ดินเขาไม้แก้วซึ่งศาลจังหวัดชลบุรีพิพากษาให้จำคุกเขา 5 ปี 4 เดือน เป็นจำคุกทั้งสิ้น 30 ปี 4 เดือน[12]